Le son [gn] avec je mémorise et je sais écrire des mots ce2

Bonjour, je suis enseignante en CE2 et je me pose une question au sujet du son [gn], cette question me turlupine depuis quelques temps mais je n'ai jamais pris le temps de faire beaucoup de recherches... : n'y a-t-il que l'écriture "gn" qui fait le son [gn] ou l'écriture "nier" également ? (comme "panier" par exemple)

Dans la méthode de Mme Picot "je mémorise et je sais écrire des mots ce2", on y trouve les 2 écritures or quand je regarde dans un dictionnaire de phonétique les mots comme "panier", "dernier" ne comporte pas le son [gn] mais [nje].

De plus quand Mme Picot parle du son [j] (ill, il...), elle indique comme graphie possible le "i" comme "oublier", comment faire la différence dans ce cas entre "panier" qui contiendrait le son [gn] et "oublier" qui contiendrait le son [j] ? Je suis perdue !

Merci pour votre aide!